WSJT-X implementa protocolos de comunicación o "modos" llamados FT4, FT8, JT4 , JT9 , JT65 , QRA64 , ISCAT , MSK144 y WSPR , así como uno llamado Echo para detectar y medir sus propias señales de radio reflejadas desde la Luna. Todos estos modos fueron diseñados para hacer QSOs confiables y confirmados en condiciones de señal extremadamente débil. JT4 , JT9 , JT65 y QRA64
utilizar una estructura de mensaje y una codificación de origen casi idénticas (la compresión eficiente de los mensajes estándar utilizados para QSO mínimos). Usan secuencias T / R cronometradas de 60 segundos sincronizadas con UTC. JT65 y QRA64 fueron diseñados para EME ("moonbounce") en las bandas VHF / UHF; JT65 también ha demostrado ser popular y eficaz para la comunicación QRP en todo el mundo en HF. JT9 está optimizado para las bandas LF, MF y HF. Es aproximadamente 2 dB más sensible que JT65mientras usa menos del 10% del ancho de banda. Con JT9 o JT65 , los QSO en todo el mundo son posibles con niveles de potencia de unos pocos vatios y antenas de compromiso. JT4 y QRA64 están optimizados para EME en VHF y bandas superiores, y especialmente en las bandas de microondas de 2,3 a 24 GHz. FT4 y FT8